I see what you mean.

我明白你说的什么意思了。

首先承认对方的意见是最重要的，在这个基础上再表达自己的不同意见会显得比较有礼貌。

I see what you mean, but we do not have enough money to do it.

我明白你说的什么意思了，但是我们没有足够的钱去做这个啊。

I hear what you say.

我听到（明白）你说的了。

I hear what you say, but this is out of our control.

我明白你说的了，但是这不是我们能掌控的啊。

这一句比起上一句更有否定的意思，一般在你相当反对对方时使用。

That's a really good point.

你说的对。

That's a really good point, but have you checked if it fits in our schedule?

你说的对，但是这能排进我们的日程吗？

这句也可以单纯作为赞同的意思来使用。